З коріння отримують сапоніни для технічних та медичних цілей. Відвар мильного кореня використовують при виготовленні інсектицидів. Відвар призначають для прийому внутрішньо як відхаркувальний засіб. Також використовується як піноутворювач при виробництві халви.
Мильнянка лікарська використовується при захворюваннях дихальних шляхів, ефективно розріджує густий бронхіальний секрет, тобто може застосовуватися для розрідження та виведення харкотиння з бронхів. Також застосовується при шлунково-кишкових захворюваннях, особливо хворобах печінки та жовчного міхура.
Настій кореневищ з корінням застосовуються при ревматизмі, подагрі, болях у суглобах, жовтяниці, хронічних гепатитах, холециститах, хворобах шлунка та кишечника (особливо при метеоризмі), нудоті, хворобах селезінки, печії. Корінь мильнянки жують при зубному болю. Відваром кореня полощуть горло при ангіні.